故事发生在人猿的全球革命和人类之间的残酷核战争十年后，凯撒必须保护人猿和人类两方的幸存者免受邪恶人类和人猿好战派系的威胁……
经过上一集的腥风血雨之后，伯恩（马特·达蒙 饰）和女朋友玛丽（弗兰卡·泼坦特 饰）隐居在印度偏僻的海边小镇，想忘记以前的生活。一天，神秘组织的杀手来到小镇，打破了伯恩二人世界的宁静，女友玛丽在逃亡途中被枪杀。为了查出真相，伯恩重新开始战斗，他发现以前工作的中情局开始重新寻找他，自己被卷入了一场刺杀活动中，被人诬陷破坏了中情局的一次情报交易，杀害特工。伯恩别无选择，他只能找到冒充自己的人，才能洗刷清白，为女友报仇
黑道大哥豹哥有老鼠和泰山為左右手一次，老鼠受豹哥所托，帶同巨款到馬來西亞與當地黑幫交易，豈料突受暗算，老鼠被迫四處逃躲。泰山趕到，但原來豹哥已遭其殺害……