在西濱國中有個不可思議的傳說，就是每三年一定會出現一個「小夜子」，而小夜子必須完成三項任務，否則全校師生將會遭遇不幸。潮田玲（鈴木杏飾）因為非常想成為「小夜子」，便自作主張代替真正的小夜子，準備悄悄完成這些任務。就在此時，有一位神秘的轉學生沙世子（栗山千明飾）出現在小玲面前…
在上一季结尾，原分子病毒已经接管了爱神星并威胁到整个太阳系的安全。此刻，一个更大的控制原分子病毒的阴谋被进一步揭开。与此同时，联合国副秘书长Avasarala和火星军人BobbieDraper正试图说出真相，阻止一场地球和火星之间的战争。而第谷空间站首领Johnson欲借此机会与地球和火星平起平坐。但是...神秘的生物已经脱离了控制...
在一次离奇的案件行动中，警察马进（谢霆锋 饰）击毙连环杀手“将军”（高伟光 饰），却被对方射穿心脏，命悬一线，意外之下接受了心脏移植手术。时隔一年半，国际上惊现数宗与“将军”作案手法完全一致的惊天大案，康复后的马进主动请缨，与犯罪心理学教授车家伟（刘青云 饰）联手展开调查。随着案情深入，马进发现了车教授身上藏有鲜为人知的秘密，车教授对“换心”后的马进也产生了特别的兴趣。在二人互相试探、智斗暗涌的过程中，马进妻子莫秀（范晓萱 饰）与神秘女子陈相茹（佟丽娅 饰）也逐渐卷入事件，一场危及全港百万人生命的大战悄然引爆……