摆渡人是城市里的超级英雄，摆渡就是把人从痛苦中解救出来。用快乐和温暖，抵抗这个世界的悲伤。 酒吧老板陈末（梁朝伟 饰）和合伙人管春（金城武 饰）就是这座城市的“金牌摆渡人”，他们平时看起来吊儿郎当，却从不对每位需要帮助的人说拒绝，只要你“预约摆渡”，刀山火海都会“使命必达”。邻居女孩小玉（杨颖 饰）为了偶像马力（陈奕迅 饰），预约了他们的服务，但在帮助小玉挑战整个城市的过程中，陈末和管春也逐渐发现了自己躲不过的问题。从欢天喜地的生活，到惊天动地的疯狂，摆渡人最辉煌的篇章，从这里开启。
佩德拉萨是西班牙的一个偏远小镇，被莫名其妙的恶魔事件所困扰，大多数居民都失去了理智，被关在精神病院里。陷入昏迷的Elena（Megan Montaner饰）躺在马德里医院的病床上，因悔恨而崩溃的Paco（Miguel ngel Silvestre饰）试图照顾她。随着恐怖的加剧，主人公们必须面对一个神秘的新敌人（Paul Giamatti饰）一个扭曲到连恶魔都害怕的人。
正在进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）、小遥（KAORI 配音）和小正（山田ふしぎ 配音），在前往下一个城镇的路上迷失方向。口渴难耐的他们在荒野中偶遇巡回表演的美丽少女洋美（眞鍋かをり 配音）及其所在的玛丽娜剧团，于是随着她们展开愉快的旅行。洋美是水之民的后代，她们此行的目的是将曾被海盗凡顿•绰普（藤岡弘 配音）夺去的苍海王子的蛋送回海之神殿，神殿内则藏着水之民的珍宝海之王冠。邪恶贪婪的凡顿岂能甘心失败，他将与洋美、小精灵护林员杰克（山寺宏一 配音）以及小智一行展开激烈的正邪争夺战…… 本片为神奇宝贝系列第九部电影剧场版。