宝玉（林申 饰）是一名潜伏在贩毒团伙里的卧底警察，经过多年的调查和搜集证据，终于端掉了一个毒窝。本以为能够就此告别不见天日担惊受怕的生活回归警队的宝玉，却接到了另一个任务，又一个贩毒团伙正在迅速壮大，并且和之前他卧底的那个团伙有着千丝万缕的关联。 毒贩头子的女儿糖果（李沁 饰）遭到仇家绑架，所幸得到宝玉的出手相救，宝玉因此得到了深入敌后的机会。然而他的真实身份却屡屡面临遭到曝光的威胁。为了保护宝玉的安危，局长房庆隆（张嘉译 饰）派出了侦查员秦越（翟天临 饰）暗中支援。在情与法，忠诚与道义的道路上，宝玉越走越远。
重案组布网围剿国际毒枭，突然杀出一组蒙面悍匪“黑吃黑”，更冷血屠杀众警察。重案组督察张崇邦（甄子丹 饰）亲睹战友被杀，深入追查发现，悍匪首领竟是昔日战友邱刚敖（谢霆锋 饰）。原来敖也曾是警队明日之星，而将敖推向罪恶深渊的人，却正是邦。宿命令二人再次纠缠，一切恩怨张崇邦如何作出了断……
同治三年（公元1864）太平天国作乱，福建省骠骑将军林文豪连年争战杀场，趁着回台空隙探望妻儿，不料竟撞见其妻宝霞因不耐长年忍受丈夫不在身边的孤独，决心与文豪多年好友朱士贵私奔，林文豪几经挣扎，决定放宝霞走，往后孤独一人带着女儿林玉环在战场上杀长毛军报效国家。