第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。 此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。 在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。
故事讲述，林国财与苗可怡为一对令人羡慕的恩爱夫妻，林表面上对苗温柔体贴，但背后与其私人助理Stella发生婚外情，并千方百计想谋夺苗所拥有十亿元的生意与财产。一日Stella的丈夫徐展东想狠揍林一顿泄愤，但阴差阳错下把苗掳走，收藏于一艘租来的游艇中，被好赌、贪婪的阿彪发现，竟趁徐离开之际向苗施暴，幸徐及时赶回救了苗。在徐与苗密切接触下，竟不自觉爱上对方。
染井為人の小説「正体」をもとにした本作で亀梨が演じるのは、ある殺人事件の容疑者として逮捕され、死刑を宣告された鏑木慶一。移送中に脱獄した彼は、逃走しながらも潜伏先で出会った人々を窮地から救っていく。そして救われた人々は、鏑木が指名手配中の死刑囚だと気付いたとき「彼は本当に殺人犯なのか？」と疑問を抱き始める。