亨利·戈尔丁饰演一名因背负了复杂过去而隐忍的独行者，代号蛇眼。一次偶然，他救下了岚影一族的准接班人，从而被邀请加入他们在日本的组织。在那里，岚影一族不但教会了蛇眼如何成为一名忍者，也给了他一直想要的一个家。但当蛇眼过去的秘密被逐渐揭开，他的信誉以及对组织的忠诚也将受到考验，即便这会使他会失去最亲近的人的信任。特种部队原著中的经典角色也将在《特种部队：蛇眼起源》中一一亮相。
陈耀庆（任达华 饰）车技娴熟，与三名好友洪（尹阳明 饰）、聪（张耀扬 饰）、大弟（刘青云 饰）在湾仔做泊车一行。大弟嗜赌，因拖欠赌债被湾仔阿扬（林国斌 饰）毒打，庆等人为还债窃阿扬车子，自此双方结下仇怨。庆对有一面之缘的女子阿妙（陈妙瑛 饰）念念不忘，再次相遇后二人终于走到一起，而洪与阿妙好友阿芬（陈加玲 饰）成为情侣。庆有感自己实力微弱，遂涉足看场与讨债，势力迅速得以扩展，风光一时无两，多位话事人不满庆做大，设计拉庆进入毒品生意，结果被庆拒绝。当庆赴澳门参加赛车并萌生退意之时，暗杀者的脚步却步步逼近…… 本片根据湾仔之虎陈耀兴经历改编。
调查记者作为志愿囚犯潜入世界上最为混乱的监狱。在那里，恐吓和暴行横行无忌。