位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level0”到“超能力Level5”的六阶段评价。高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手ImagineBreaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！
描写一个火车司机在党的教育下，克服技术上的困难，终于战胜官僚主义和保守思想，在艰巨的条件下，创造了满载超轴的记录，完成了国家的运输任务。
1990年的北京，大院女孩李丽莉中考马失前蹄，一头栽进大人们谈之色变的三类校西四中学，在马厩改成的教室里，未来被判了死刑。发小王波不知为何也来到西四，成为李丽莉唯一的慰藉，然而之前意外结下梁子的胡同一霸赵磊，竟也分到了她的班级。面对赵磊的报复，永不服输的李丽莉奋起反击，与此同时，王波为了她故意考砸中考的消息传来，让李丽莉对王波产生异样的情愫。然而，当第一次心动变成心碎，唯一察觉她心事的却是死对头赵磊，那看似永无止境的幼稚争斗，不知不觉间竟暗暗涌动着双方都未曾料想的小情愫，温柔地抚平了成长带来的辛酸。温柔体贴的少女张静，油嘴滑舌的小跟班陈军，特立独行的转学生臧茉莉，李丽莉逐渐了解这些所谓“坏学生”的可爱之处，并在他们影响下，不断挣脱身上的道道枷锁，奔向这场看似‘前途无亮’，却又灿烂无比的青春。