1993年，粗鲁张扬的男人约瑟夫·杜森特（乔什·布洛林JoshBrolin饰）在深夜遭人绑架。当他醒来时，发现身处一个完全封闭的房间。每天有人按时送来一成不变的饺子，却没人告诉他为什么将其囚禁在这里。他愤怒、沮丧、绝望、哀伤，通过房间里的电视机，得知前妻堂娜·霍桑被人残忍杀害、年仅三岁的女儿米娅被人收养的消息，而自己则背负了杀人犯的罪名。万念俱灰的约瑟夫求死不能，为了女儿他锻炼身体，试图从牢笼中逃脱。漫长的二十年过去，体格健硕的约瑟夫又意外地被人释放。他求助于好朋友恰吉（迈克尔·因佩里奥利MichaelImperioli饰），并得到了美丽女孩玛丽的帮助（伊丽莎白·奥尔森ElizabethOlsen饰）。约瑟夫靠着仅有的线索追查自己被囚禁的原因，而他也终于逼近那个可怕的真相……
卡勒姆·林奇（迈克尔·法斯宾德 饰）在死刑即将执行之前清醒过来，发现他被索菲娅（玛丽昂·歌迪亚 饰）选中，来参加一个能让人类摆脱暴力冲动的计划。虚拟现实机器Animus能让用户体验祖先的记忆，被绑在机器上之后，卡勒姆·林奇意识到他是生活在西班牙宗教法庭时期一位刺客阿圭拉的后裔，他们寻找的是可以控制自由意志的伊甸园苹果。索菲娅在父亲艾伦（杰瑞米·艾恩斯 饰）施加的压力下不情愿地操纵着卡勒姆·林奇回到过去寻找伊甸园苹果在现代世界的下落，威胁着他身体和心理的健康。但在杀手同行穆萨（迈克尔·威廉姆斯 饰）暗示了卡勒姆·林奇，提醒他艾伦有可能动机不纯之后，卡勒姆·林奇开始重新考虑他的行为和动机，而人类自由意志的命运也变得悬而未决……