伊莉雅是一個就讀穗群原學園的普通女孩，有一天被萬花筒之杖的人工天然精靈「魔法紅寶石」強制締結契約，成為「魔法少女伊莉雅」。她在萬花筒之杖前任持有者遠坂凜的命令下，開始被迫幫忙回收階級卡片……
《谁家的孩子》第二季延续第一季的故事，孩子们都长大了一岁，仍然是一群快乐的小学生。急公好义的夏子鹏，调皮捣蛋的邱阳，聪明伶俐的诗琪，古灵精怪的雪灵，还有品学兼优的表哥璨彬。新的学年，他们身边多了一群新的朋友，机灵鬼文辉，小不点天天，新班长小蔓，开心果安安，他们的学习和生活依然是丰富多彩，他们的家长依然是爱恨交加。他们自我的意识在苏醒，开心和烦恼敲打着他们的心窗，身边的世界开始展示出更多更复杂的层面，他们继续享受着快乐的童年，收获着身心的成长，也经历着磕碰和摔打。
明朝年间，兵部尚书麾下的百户段天昊为查出倭寇与阉党勾结销赃的证据，加入锦衣卫，几年来一直潜藏在太监总管张公公身边。就在他终于得到线索，准备与多年兄弟总旗苏子峪里应外合抓住犯人时，兵部尚书刘大人得到阉党利用倭寇陷害福州知府的线报，并派出段天昊的弟弟段天麟到倭寇处卧底。段天昊与苏子峪只得放弃到手的功劳，前往福州，却不曾料到竟是一场有去无回的凶险之旅。