在1952年韩战正打得火热的时候。美国海军77特战队飞行员布鲁贝克（威廉·霍尔登饰），经常出生入死，执行最艰巨的任务，刚从海中救援后，又要执行炸毁独孤桥任务。在两峡谷之间，不能转身、俯冲，不知要直飞或低飞，满山遍野都是高射炮阵地，这就是独孤里桥。
倒卖人体器官集团的主脑洪文刚（古天乐 饰）罹患严重心脏病，为了活命他甚至计划摘取亲弟弟洪文标（恭硕良 饰）的心。为了完成卧底工作不惜身染毒瘾的志杰（吴京 饰）随老大去码头劫持试图逃跑的洪文标，他的上司见叔叔陈国华（任达华 饰）接到线报后也率队赶往现场，三方随即展开了激烈 的交火。侥幸逃生的志杰被送到泰国一所监狱，而掌控这里的狱头（张晋 饰）则与洪文刚有着千丝万缕的联系。女儿罹患血癌的狱警阿猜（托尼•贾 饰）对志杰的真实身份生出许多疑惑，而之后他无意中发现了监狱里的可怕秘密。 为了营救侄子，陈国华不远万里追到泰国。而洪文刚仍在做着垂死挣扎，他最终陷入癫狂……
回归香港进入历史新时代，随著政治社会形势的转变，而迈进新纪元。小马决定带着与自己生死与共的阿珍过平淡的生活。但恶运一直跟随着他们，帮派中一头目阿龙一直视小马为心头大患，龙不择手段加害他们，珍惨死在龙的枪下，小马侥幸逃出，珍临死前叮嘱小马，不要再涉足江湖，小马含泪答应。从此，他铭记珍的遗言，忍着一切痛苦和悲伤，退隐江湖。正在小马以为一切都将重新开始的时候，恶梦又慢慢地向小马逼近，最终无可避免地来一场决斗。