东日本大地震9年后的宫城县，发生了连环杀人案件，在警察笘篠（阿部宽饰）的追查中，因为帮朋友而引发纵火伤人事件入狱，现在刚出狱不久的利根（佐藤健饰）成为嫌疑人。在没有决定性证据的情况下，又发生了新的案件。
亨利·戈尔丁饰演一名因背负了复杂过去而隐忍的独行者，代号蛇眼。一次偶然，他救下了岚影一族的准接班人，从而被邀请加入他们在日本的组织。在那里，岚影一族不但教会了蛇眼如何成为一名忍者，也给了他一直想要的一个家。但当蛇眼过去的秘密被逐渐揭开，他的信誉以及对组织的忠诚也将受到考验，即便这会使他会失去最亲近的人的信任。特种部队原著中的经典角色也将在《特种部队：蛇眼起源》中一一亮相。
维奥莱特（玛丽娜·维丝曼 Malina Weissman 饰）、克劳斯（路易斯·哈恩斯 Louis Hynes 饰）和桑尼是情同手足的三姐弟，维奥莱特满脑袋都是古灵精怪的奇思妙想，克劳斯饱读诗书能够记得他看过的一切东西，桑尼虽然年幼，但拥有四颗雪白结实的门牙，战斗力不可小觑。 一场意外让三姐弟成为了无家可归的孤儿，为了替自己找到一个可靠的新家，三人踏上了旅途。远房亲戚奥拉夫伯爵（尼尔·帕特里克·哈里斯 Neil Patrick Harris 饰）收养了三人，但很快，维奥莱特便发现，奥拉夫真正想要的，其实是他们的父亲留下的巨额遗产。为此，邪恶的奥拉夫甚至一手策划了一场车祸，企图将三个孩子置于死地。