1943年，抗战局势发生巨大的变化。曾经张牙舞爪的日本帝国主义，在第二次世界大战战场捉襟见肘，于是从中国大陆调集大量兵力奔赴太平洋。原本在日寇严密掌控下的省城，则交给下面的伪军指挥。我党侦知到这一变化，秘密派遣某游击队政委杨晓冬（王心刚 饰）潜入省城。他伪装成无业人员，落脚在地下党员韩燕家中。一方面加紧团结一切爱国儿女组成抗日武装力量，一方面谋划从内心烦恼重重的伪治安军团长关敬陶处突破。但是这一行动危机重重，日寇掀起疯狂的搜捕反击，内部叛徒的出现更成为威胁革命果实的定时炸弹。黎明前的黑暗，苏醒的儿女竭力奔向阳光…… 本片根据李英儒的同名小说改编。
2009年，当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）相识的前一年。在美国FBI学成归来的当麻被分在警视厅公安部公安第五课未详事件特别对策系，接受组长野野村光太郎的直接领导。此前不久，某大型石油企业高管接连被人杀害，死者的心脏无一例外都留下被人用手捏过的痕迹。显而易见，这一系列事件和所谓的SPEC持有者有着极为密切的联系。与此同时，石油企业高管Diablo（大杉涟 饰）高薪聘请神秘SPEC持有者一十一（神木隆之介 饰），企图阻挡神秘的SPEC杀手。一十一，这个日后与当麻和濑文有着不解渊源的难缠敌手将当麻视作杀害父母的爆弹女，之后更斩杀了当麻在美国结识的好友Nancy。 SPEC宏大篇章自此拉开序幕，决定世界命运的重大事件也进入了倒计时…