影片《灵异医院》讲述的是一个有着不堪过去的女人在一家新近倒闭关门的医院找到了一份核对病人简历复印件的工作，而孤独一人在隔绝的医院值夜班的过程中她经历了一些神秘事件。有所警觉的她通过这些事件发现医院可能和近日出现的谋杀案有关，而要破解这些谜团，首先她需要仔细梳理一下自己混乱的过去。
高一那年夏天，帆高（醍醐虎汰朗配音）离开位在离岛的家乡，独自一人来到东京，拮据的生活迫使他不得不找份工作，最后来到一间专门出版奇怪超自然刊物的出版社担任写手。不久，东京开始下起连日大雨，仿佛暗示着帆高不顺遂的未来，在这座繁忙城市里到处取材的帆高邂逅了与弟弟相依为命，不可思议的美少女阳菜（森七菜配音）。「等等就会放晴了喔。」阳菜这样告诉着帆高，不久，头顶的乌云逐渐散去，耀眼的阳光洒落街道……原来，阳菜拥有「改变天气」的奇妙能力……
三十岁上的阿搏（周润发 饰）心地善良，可惜事业一事无成，长年与痴迷茅山道术的表姐金花（叶德娴 饰）相依为命，身边只有一个聋哑的昔日江湖兄弟“六尺三”跟随。某日，阿搏在一只古旧家具中发现女鬼魏小蝶（钟楚红 饰）的求助信，遂奉献三年阳寿与小蝶结为鬼夫妻，以助其脱离阴婚羁绊。魏小蝶回阳世报恩，却被阿搏误会为落难大陆妹并再次搭救。阿搏女友阿美（王小凤 饰）厌倦清苦生活频频出轨，终于弃阿搏而去，小蝶现身安慰，填补了阿搏的情感缺失，看穿小蝶女鬼身份的金花施法捉鬼，但终于被小蝶的诚意打动，反而帮助小蝶延长在阳世逗留的时间。阿美离开阿搏后生活并不如意，要求复合被阿搏拒绝后愤而自杀，化作厉鬼寻仇……
所谓 PET 称的是有着改变他人记忆的超能力少年，他们被黑社会管理操控来替黑社会达成不可告人的目的，而这群「PET」的领袖为了拯救自己的同伴居然从黑社会手里逃走了。 人类的记忆很多但是高兴的记忆堆在山上，不愉快的记忆则是放在谷底，而正是在这山谷起伏之间一个人才能够得以存在。 能够修改他人记忆的「PET」们自身凭借自己的记忆建立起的超越家人的信赖关系，很多时候记忆是会骗人的甚至是自欺欺人，我们自己也会不经意间修正不喜欢的记忆，至少让自己觉得这些记忆好看一些。