柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。 柯南认为
2015年，朋友派出的恶魔推销员遍布世界各大主要城市，致命的病毒就此蔓延，全球愈20亿人丧命。在此之后，朋友开发出的疫苗拯救无数绝望的生灵，他再次被人类奉为神明，朋友帝国的统治进一步加强。与此同时，以义常（香川照之饰）为首的“贤知一派”和神奈率领的“冰之女王军”与朋友及其地球防卫军接连展开对抗。在被高墙封闭起来的东京，朋友做出新的预言，“2017年8月20日这天，外星人将来到地球散播更为致命的病毒，全人类都会因此灭亡”。人类危在旦夕，革命军加紧部署，阿区（丰川悦司饰）、贤知（唐泽寿明饰）、青蛙仔（宮迫博之饰）、丸夫（石塚英彦饰）也相继回到这里。关系人类命运的最终决战即将展开……本片根据浦泽直树同名漫画改编，影片简介中涉及的人名均以原著漫画中文版翻译为准。
港岛半shan区一幢气派非凡的别墅，灯火通明，原来是拥有健美小姐冠军衔头的林利红小姐的生日舞会。鈡大四年级的李诗韵偕同班同学许若侽依约参加了这个美钕如云的盛会。午夜，诗韵和若侽同乘一部跑车离去，途鈡跑车发生故障，停在路旁。不久，由远处有两部跑车奔驰而至，车上六个侽子不经两钕同意，硬推她们上车，直往后shan茂林去