一位有权有势的神秘男子，有一个极其特别的爱好：沿着格鲁吉亚的海岸线收集百年古树。他会命令手下把古树连根拔起，移栽到他的私人花园里。其中一些树有15层楼那么高。为了运送如此巨大的古树，工人们必须砍倒沿途挡路的树，移开电缆，并铺设新路横穿当地的柑橘园。“连根拔起”已不再只是隐喻，它移栽进了一种压抑的、真实却又虚幻的现实。
十八世纪，让-马普蒂斯特•格雷诺耶（本•韦肖 Ben Whishaw 饰）出生在巴黎最肮脏、最恶臭不堪的地方——鱼市场上。格雷诺耶天生对气味有着惊人的天赋：无论恶臭还芳香，他都一一记住，并能轻易分辨各种气味。 当他在孤儿院长到13岁的时候，被院长卖给了制皮匠。格雷诺耶在制皮铺过着犬马不如的生活。机缘巧合，格雷诺耶在香水巴尔蒂尼面前展露了其过人的天赋，进入了香水铺工作。但格雷诺耶并不仅仅满足于制作出世界上最芳香的香水，他梦想学得如何保存万物气味的方法。巴尔蒂尼告诉格雷诺耶香水的起源地在格拉斯，那里的人知道保存气味的方法。格雷诺耶拿着巴尔蒂尼的推荐信来到了格拉斯。 格雷诺耶爱上了青春少女的体香，为了把这种香味保存下来，格雷诺耶最终走上了杀手的道路。
某日，西域进献给唐皇的佛祖舍利不翼而飞，唐皇将此案交给刚正不阿又英俊潇洒的袁大人调查。袁大人刚得到消息，就听闻一位叫汐彦的少女亲来投案。袁大人在审问少女汐彦的过程中，发现此女跟此案并无多少干系。而少女汐彦亲来投案的缘由，竟是因为倾慕袁大人已久。这让刚正不阿的袁大人苦恼不已，就在袁大人被少女汐彦深深吸引的同时，袁大人发现自己好友竟亦恋慕汐彦已久。
警察詹建业（任达华 饰）给一个在女厕偷窥的疑犯关炳文（张家辉 饰）录口供。关炳文不认罪，却说在厕所听到了有几个女人在商量用奇特药物杀死所有坏男人。建业虽然觉得无稽，但还是把口供记录下来。当天晚上，同僚告诉建业关炳文的口供不见了。当建业再次为关炳文录口供的时候，奇怪是他竟然承认自己在厕所偷窥，建业怀疑案件警察方子晴（邵美琪 饰）有关，决定追查下去。而方子晴则在女厕与建业的妻子（刘心悠 饰）见面，希望建业的妻子能阻止丈夫追查案件。