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故事发生在1979年冷战期间，冈特（大卫·克劳斯 David Kross 饰）和皮特（弗莱德里奇·穆克 Friedrich Mücke 饰）身处东德统治者的铁腕政权之下，虽然被限制了行动，但是两人并没有放弃对于自由的追求，他们利用长达两年的时间，策划了一起惊天大逃亡。 两人动用了手边一切能够得到的资源，制作了一个巨大的热气球，他们打算用最朴素也是最直接的方式，带领着他们的家人逃往西德。然而，就在一行人即将越过边境之际，热气球却因为意外而坠毁了，与此同时，他们的行动也引起了秘密警察的注意，针对他们的追捕很快展开了。一边躲避追兵，冈特和皮特还要一边想方设法制作新的热气球，一场与时间的竞赛开始了。
原来任职ＣＩＤ的王志淙（黄日华 饰）为人正直、胆大心细、屡破奇案；但也有其不好的一面，就是容易冲动、独断独行，多次在行动置上级指示和同伴劝告于不顾。一次，与志淙情同手足的好友兼同事周家祥（李成昌 饰）为了要替好赌的女友还清高利债务，与匪帮勾结策划武装抢劫，案发被志淙亲手缉拿归案。 志淙与Ｏ记年轻干探林永泰（陈锦鸿 饰）因行事风格各异而结怨。真是不是冤家不聚头，志淙调入Ｏ记后却无独有偶跟永泰编在了一组。专断独行的志淙与作风保守凡事照章行事的永泰，一开始两人就火光四溅，相互埋怨。但经过一番相处，两人都十分欣赏对方的执着和正义，于是成为了O记里面扑灭罪案的一对最佳拍档。
Cut off from home and facing an impossible mission against mounting odds, "Deep Six" is a hyper-realistic live-action portrayal of a deep space forward operating base at a pivotal moment for humankind 250 years in our future.