影片剧情围绕X战警中最受欢迎成员之一的琴·葛蕾展开，讲述她逐渐转化为黑凤凰的故事。在一次危及生命的太空营救行动中，琴被神秘的宇宙力量击中，成为最强大的变种人。此后琴·葛蕾不仅要设法掌控日益增长、极不稳定的力量，更要与自己内心的恶魔抗争，她的失控让整个X战警大家庭分崩离析，也让整个星球陷入毁灭的威胁之中。《X战警：黑凤凰》是迄今为止气氛最紧张、情感最丰富的一部《X战警》电影，是《X战警》系列20年来的集大成之作，大家非常熟悉和热爱的变种人大家庭即将面对最为强大的敌人——而她恰恰还是他们中的一员。
居住在京都的喜多泽家四姐妹美丽动人，除大姐彩（紺野美沙子饰）外，其余三个妹妹茜（浅野温子饰）、杏（沢口靖子饰）、蓝（富田靖子饰）都来自孤儿院。在父母过世后，彩断掉了和恋人岩城（竹脇無我饰）结婚的念头，全力担负起照顾妹妹们的责任。大学生杏青春逼人，她成为年轻小伙追求的对象。花剑部的柚木冬悟（宮川一朗太饰）和樱庭谅（尾美としのり饰）同时向杏展开爱情攻势，冬悟虽然得到美人的芳心，但他的母亲却因为杏的出身而横加干涉。杏和蓝从此得知自己的身世，她们为此苦恼不已。不久，杏的生身母亲绫小路良江（入江若葉饰）来到京都，希望女儿能与她一同生活，喜多泽四姐妹面临分离的命运。另一方面，一向乐观的二姐茜被诊断患有绝症，她和对自己颇有好感的谅走到一起，携手度过生命中最后的时光……
故事讲述了十八世纪暹罗军压境进犯，大城王朝岌岌可危。小小村庄的Bangrajan人民螳臂挡车，多番力抗强敌大军……
摩根被人设计将有毒废物倒入他工作的矿区内，导致东非尚比亚数千里居民死亡，被当地政府驱逐出境。数月后，由杜邦处得知害他的史考特并没死，且藏身于当地反判军内，于是决定返非讨回名声，找出被藏匿的放射能污染物。怎知这一切其实都是北韩反叛军陈和杜邦图谋当年史考特和中情局从苏联劫来的铀棒，欲从中获取厚利。