宁静的九州乡间小镇，生活着平凡的少女岩户铃芽（原菜乃华 配音）。这天上学路上，她邂逅了神秘的白衣青年宗像草太（松村北斗 配音）。草太的言行举止引起了铃芽的好奇，她随着这个青年来到了一处废墟，并看到了一扇在水中央突兀伫立的门。懵懵懂懂，铃芽无意间解开了某个古老封印。在此之后，一场地震突发，而偏偏只有铃芽才能看见地震前发生的诡异现象。随后这个惶恐的女孩才发现，草太原来是有着古老传承的闭门师，他巡游日本各地正式为了阻止更大的灾难发生。
为了应对吉亚迪所开发出的完全独立无人战斗兵器“军团”的入侵，其邻国圣格诺利亚共和国开发了无人战斗兵器毁灭之力。但是，无人战斗机只是空有名号，实际是没有被认可为”人“的人们——86——驾驶，被当作道具来使用。由”86“所组成的部队“先锋战队”的队长少年・辛艾，在只能等待着死亡的令人绝望的战场上为了某个目的而战斗着。在那里，共和国军队的精英・蕾娜就任了新任指挥管制官。她小时候有着被86所救助过的经历，因此想把被作为“人形猪”而遭到轻视的他们作为正常人类来对待。只不过是为了战斗而被作为道具使用的少年以及被寄予了未来期望的精英才女，本不应当有所交集的两人，在激烈的战斗中看到了未来——
年轻的科妮莉亚来到老父亲的家里寻找一些东西。当她试图完成自己的使命时，她总是被意想不到的情况打断：一个神秘的女孩，一个小偷和一个情人。