《风云少年跡部》的主角自然是冰帝的王牌种子选手跡部大爷，永远看天说话的跡部殿下小小年纪就目无尊长目中无人无法无天，不但在入学之初发表帝王宣言，把网球部的前辈们一个个视如无物轻松解决，还以一敌二大战宍户日向两人，然而，故事发生了转折，传说中的风云少年跡部同学碰上了传说中的转学生忍足侑士，于是，一场宿命对决开始了。
一天毛利小五郎收到一张请帖，里面是谜样男子的委托，需要前往横滨的一个游乐场。小五郎和柯南一行人快乐地到达欢乐的游乐场，还带上了可以出入无阻代表VIP的手表，不料正中那名神秘男子的圈套。所有带上手表的人不得离开游乐场，否则便会发生爆炸。从现在开始到晚上十点，柯南和小五郎如果不能解开谜题，兰和少年侦探团也会随着游乐园粉身碎骨。然而更意想不到的是，那名男子居然直接称呼柯南为工藤新一。