《风云少年跡部》的主角自然是冰帝的王牌种子选手跡部大爷,永远看天说话的跡部殿下小小年纪就目无尊长目中无人无法无天,不但在入学之初发表帝王宣言,把网球部的前辈们一个个视如无物轻松解决,还以一敌二大战宍户日向两人,然而,故事发生了转折,传说中的风云少年跡部同学碰上了传说中的转学生忍足侑士,于是,一场宿命对决开始了。
一天毛利小五郎收到一张请帖,里面是谜样男子的委托,需要前往横滨的一个游乐场。小五郎和柯南一行人快乐地到达欢乐的游乐场,还带上了可以出入无阻代表VIP的手表,不料正中那名神秘男子的圈套。所有带上手表的人不得离开游乐场,否则便会发生爆炸。从现在开始到晚上十点,柯南和小五郎如果不能解开谜题,兰和少年侦探团也会随着游乐园粉身碎骨。然而更意想不到的是,那名男子居然直接称呼柯南为工藤新一。