明治时代，随着文明开化及迅速西化，使得日本进入前所未有的改革期。 无法接受这种变化的人、及对于新政府有所不满的人因此犯下罪过。而囚禁这些罪犯的地方，便是位于日本最大湖——琵琶湖湖心的巨树监狱！以作为摆渡人，代代供奉大蛇的阴天神社三兄弟为中心，各式各样的现实与未解之谜交错，潇洒奢华的故事终于揭开序幕。
在动物的神秘世界里，广袤的土地上正发生着怎样的故事?跨越不同地域，探访特殊地貌环境下生活的动物们，全景展示不同生态环境下人与动物的奇妙故事。由南至北，从西向东，从海洋到高原，跋涉森林与热带雨林，通过各种极致的自然地貌，探寻人、动物、自然的和谐共生。