《五星红旗迎风飘扬2》承接“两弹一星”的故事，从1970年4月我国第一颗人造卫星上天写起，着力塑造毛泽东、周恩来、邓小平等老一辈革命家运筹帷幄，在复杂多变和严峻的国际环境中，审时度势，从容应对，始终立于主动地位。为了维护祖国的主权、领土完整和民族尊严，他们进行的坚定而有理有力的斗争，在严重困难面前，他们带领全国人民，迎难而上，以不屈的姿态和昂扬的精神面貌去战胜和克服困难，终于走出了一条中国特色的社会主义道路。
一次失误让星宇保全老将邓博萌生退意，在最后一单任务中与保护对象李俊生，在绝境之中擦出爱情火花，经历生死危机之后，邓博以为自己找到人生归宿。孰知李俊生此行另有目的，邓博陷入爱情与正义的艰难抉择。
郝帅的姐姐在他们共同经历的一场大火中丧生，因此郝帅立志长大后成为一名消防战士。郝帅几经波折终于考到了消防部队中的精英队伍“飞豹中队”。年轻气盛的郝帅由于个人恩怨、救援观念等等原因，不断的和队长林毅发生冲突，公然挑战队长的权威。在几轮比武和救援后，林毅发现郝帅不但在消防业务上有过人的能力，他的个人英雄主义更是很像年轻时候的自己。一次交通救援后，郝帅无意间发现，林毅就是当年那场大火中放弃自己姐姐的消防兵。林毅充满愧疚，他明白了郝帅为何宁可牺牲自己，也不愿放弃受困群众的原因。最终，林毅的牺牲使郝帅明白，英雄的使命，是要肩负更重的责任和更多的自我牺牲。而他，终将不负众望，前仆后继，披荆斩棘，带领队伍，做到最好。
上世纪中叶，漆黑阴森的湘南特别少年院二舍六房迎来了新的住客：因伤害罪和杀人未遂被捕的水上真理雄（小栗旬 配音）、强壮孔武的远山忠义（黒田崇矢 配音）、偷窃欺诈成性的前田升（朴璐美 配音）、有着异国英俊面容的横须贺丈（羽染達也 配音）、酗酒暴力的怪力男松浦万作（脇知弘 配音）以及狡诈精明的野本龙次（藤原啓治 配音）。黑暗的过去，悲伤的童年，让这群少年的未来充满绝望。幸运的是，二舍六房的前辈樱木六郎太（小山力也 配音）担当起教育少年们的责任，在芜杂的战后日本社会以及混乱黑暗的少管所内，樱木带着6名少年朝着光辉的梦想矢志不移前进…… 本片根据安部让二的同名漫画原著改编（漫画家柿崎正澄但当作画）。