故事发生在1943年敌后抗日根据地冀中小镇安邱城。此时我军势力不断发展壮大，周边数座县城都被解放，安邱城中的日伪无不人心惶惶，各思退路。经营一间驴肉馆“鼎香楼”的大伙计蔡水根（饰）颇得日伪赏识，而他实际上是将敌人玩弄于股掌之上的地下共产党员。在蔡水根的带领下，几位共产党员展开了英勇无畏的地下抗日活动。
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。 而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。