影片背景设置在11世纪的波斯，一位英国人为了学习医术掩盖其天主教徒的身份，加入了伊斯巴罕一所只招收犹太人的医学院他的老师名叫阿维森纳，是历史上著名的犹太科学家、思想家和医生。阿维森纳的著作达200多种，最著名的有《哲学、科学大全》，在当时是高水平的百科全书；另一部 巨著是《医典》，直到17世纪西方国家还视为医学经典，至今仍有参考价值。《神医》结合史诗与虚构，展现了在那个被愚昧和迷信统治的世纪里一群人探索真知的无畏精神。
抗日战争时期，在山东南部枣庄矿区，以刘洪、王强为首的一批煤矿工人和铁路工人，因不堪日寇的欺压和蹂躏，在中国共产党的领导下秘密建立起一支短小精悍的游击队。这支游击队经历了飞车搞机枪、血染洋行、智打票车、夜袭临城、打冈村、搞情报、夺布车、上济南、下徐州等多次战斗，活跃在日军侵华战争的主要铁路命脉——津浦线的山东沿线，被百姓称为“飞虎队”。鲁汉、林忠等铁道游击队员，在战斗中逐渐成长，并为国捐躯；刘洪和芳林嫂也在战斗中产生爱情。日本侵略军为消灭心腹之患，在铁道线附近进行残酷扫荡和绞杀，利用种种阴谋，使铁道游击队面临险境。1945年抗战胜利，铁道游击队在人民的支持下，周旋于铁道和微山湖之间，抓住了逃跑的小林和他的残兵败将，并逐步壮大起来。
孤女立夏深山武校艺成下山报恩。其恩人尉迟东举办的马术比赛遭遇赌博集团操控。尉迟委托星宇安保公司保护众骑手，并安排立夏加入该公司实习。几经波折后，立夏在安保公司站住了脚并解决了安全危机。
卢浮宫博物馆馆长被人杀害在卢浮宫内，临死前他费力的留下骇人的符号，从而惊动了符号专家罗伯特·兰登（汤姆·汉克斯）。在破案过程中，兰登结识了死者的孙女，索菲（奥黛丽·塔图），俩人几次遇险，九死一生，逐渐产生爱慕之情。 随着案情的深入，他们渐渐发现这起谋杀案后隐藏着天大的秘密，甚至牵连到隐匿多年的神秘组织——峋山隐修会。兰登按图索骥，发现所有的解密的密码都藏在达芬奇的作品中，而最让人震惊的是，索菲的身世一时间随之复杂起来，她究竟是谁？峋山隐修会再现江湖想要达到什么目的？