1990年的9月24日，两位驾着F16战机的美国空军在伊拉克上空禁区做着例行飞行检查。出乎意料的，在北大西洋公约空域中出现了一架伊拉克喷射客机，李班宁机长（罗伯派屈克饰演）察觉这件意外后，准备赶这架偏离航道的飞机回正轨。约翰达克机长（鲁格豪尔饰演）则飞近这架客机想一探究竟，并向客机发出请求离去讯号。突然间三架伊拉克MIG战机冲出来，对这两保F16开火并发动飞弹攻击。达克与班宁立刻反击，并且和敌机做激烈的空战。但达克却不幸被飞弹射中，飞机连人垂直掉落至伊拉克土地上，成为一片火海。而李班宁当天晚上在漆黑的
夏如树（郑秀文饰）有一天突然得知父亲（钟镇涛饰）死讯，并由此发现原来自己在台北、重庆两地各有一个同父异母的妹妹如枝（赖雅妍饰）及如果（李晓峰饰）。来自三个不同地域、性格迥异的三姐妹，在父亲的葬礼上首次碰面，明明陌生却有着血缘的牵绊，同样面对着父母离异的创口与生活的惶惑；如树毅然决定继续经营父亲留下的火锅店，获得重新认识父亲的契机。三姐妹因上一代人的爱恨纠缠，在破碎家庭关系中成长，也因此相遇相知，互相依存，重拾修复关系的勇气，成长创口得以疗愈。
宁静祥和的见泷原市，全靠魔法少女鹿目圆（悠木碧配音）、美树沙耶香（喜多村英梨配音）、巴麻美（水桥香织配音）以及佐仓杏子（野中蓝配音）守护，一次次击败了人类灵魂深处产生的“梦魇”，全力包围着她们最为珍惜的城市、家人和朋友。这一天，美丽女孩晓美焰（斋藤千和配音）作为转校生来到小圆的班级，小圆她们意外发现，晓美竟然也是魔法少女中的一员。在此之后，五位魔法少女同心携手，解决了梦魇接二连三带来的危机。她们的友情笃深，相处分外融洽，但是晓美却对周遭无时不在的违和感隐隐感到不安。某天，她要求杏子和她去风见野一探究竟，然而两人大费周章，竟然怎么也无法走出见泷原。晓美终于意识到，她和朋友们似乎被某人封在了魔女的结界中。无休止的轮回以及爱欲滋生的幻象，让少女们陷入无休止的混乱深渊……