由于在“内战”中站到了美国队长一方，蚁人斯科特·朗（保罗·路德 Paul Rudd 饰）遭到了FBI的禁足惩罚。眼看离真正的自由还有几天功夫，偏偏麻烦找上门来。原来初代蚁人汉克·皮姆（迈克尔·道格拉斯 Michael Douglas 饰）通过研究发现，他的妻子黄蜂女（米歇尔·菲佛 Michelle Pfeiffer 饰）一定还活在量子领域，而斯科特是能够将妻子带回现实世界的唯一希望。不由分说，汉克的女儿霍普（伊万杰琳·莉莉 Nicole Lilly 饰）将斯科特带出房间。此后不久，他们不仅要躲避FBI的纠缠，更要提防来自神秘势力的袭击，而“幽灵”的出现更将斯科特等人带向前所未有的混乱当中。
东京大田区，在羽田机场附近一处可以称之为乡下的地方，有一间叫“九十九堂”的旧书店。书店以漫画为中心搜罗了各种旧书，顾客群广泛。店主九十九樱平静地过着日子。旧书店深处有一间被唤作“休息室”的房间，那里常聚集着一群不知来自何方且无处可去的人。店主阿樱不深究这些人的来历，而是 端出亲子饭款待饥肠辘辘的他们，而且亲子饭对任何人都是免费的。无处可去的人们在填饱肚子的同时，内心也得到了温暖。他们渐渐地把自己的事说给阿樱听。阿樱静静地听着，有时也会和他一起流泪。她的口头禅就是：“想哭的时候尽管哭吧。因为落下的泪珠会开出幸福之花。”来吃亲子饭的人中，有因复杂的家庭环境而烦恼的女老师，有杀过人、从少年管教所里出来后仍寻找“爱”的少年，有在公司失去地位的自闭男性。人人都有各种的故事。而阿樱自己也有必须面对的悲伤往事 。