一群考古学的学生，为了寻找失踪的教授而来到一个神秘洞穴。里面的时间与地表不同，他们受困其中，参与一场与时间竞赛的冒险之旅…
明朝成化年间，朝纲腐败，奸邪当道。西厂东厂为宦官把持，混淆黑白，陷害忠良，朝野内外噤若寒蝉。时有赵怀安（李连杰 饰）等流亡剑客挺身而出，接连铲除东厂数名奸佞，致令阉贼胆战心惊。适值此时，风头正劲的西厂督主雨化田（陈坤 饰）出面干预。另一方面，宫女素慧容（范晓萱 饰）怀有身孕，绝命奔逃。被雨化田的爪牙追捕途中幸得神秘侠客凌雁秋（周迅 饰）相救。二人一路辗转逃往关外，来到曾经引起过腥风血雨的龙门客栈落脚。龙门客栈一如往昔，为凶险异常之所在。雨化田手下追赶至此，与先前而至的鞑靼商队剑拔弩张，关键时刻更有与雨化田长相极其相似的卜仓舟（陈坤 饰）与女侠客顾少棠（李宇春 饰）投宿客栈。不久，赵怀安一众也偷偷潜至龙门。
港东署ECU（Emergency Call Unit）一名紧急出动班班长，因自己没有注意到妻子遇害前打来的求救电话，而使得妻子遭到杀害。因此成为紧急指令室的一员，与拥有绝对听感但父亲被杀害的声纹分析官及同僚们一同阻止犯罪的过程与点滴。